Mens solen skinner ute kaster en fremmed skikkelse lange skygger ned i kjelleren der Tobias og Marius sitter, fast bestemt på å løse gåten bak de magiske Epsilon-bøkene. Uten forvarsel slynges de ut i nye eventyr på liv og død, og håpet om å finne svar driver dem stadig videre.
Tilbake i byen er en fryktinngytende skikkelse. Den markdryppende Vokteren vil gjøre alt som står i hans makt for å hindre guttene. Kan han nå dem gjennom bøkenes univers, eller vil den handlekraftige Bark stanse ham før det er for sent?
?Oppdrag: Epsilon? er en frittstående oppfølger til ?Oppdrag: Midnatt? fra 2006.